RightField

Omschrijving

RightField kan een reeks toegestane termen specificeren uit een gekozen ontologie (subklassen, individuen of combinaties) voor elk annotatieveld. De resulterende spreadsheet presenteert deze termen aan de gebruikers als een eenvoudige vervolgkeuzelijst. Dit vermindert de acceptatiedrempel voor het gebruik van community-ontologieën, aangezien de annotatie wordt gemaakt door de wetenschapper die de gegevens heeft gegenereerd in plaats van door een derde partij, en de annotatie wordt verzameld op het moment dat de gegevens worden verzameld.

RightField is een zelfstandige Java-toepassing die Apache-POI gebruikt voor interactie met Microsoft-documenten. Hiermee kunnen gebruikers Excel-spreadsheets importeren of helemaal opnieuw genereren. Ontologieën kunnen ofwel worden geïmporteerd uit hun lokale bestandssystemen, of uit de BioPortal ontologierepository. Individuele cellen, of hele kolommen of rijen kunnen worden gemarkeerd met de vereiste reeksen van ontologietermen en een individuele spreadsheet kan worden geannoteerd met termen uit meerdere ontologieën.

Eenmaal gemarkeerd en opgeslagen, bevat de RightField-enabled spreadsheet 'verborgen' bladen met informatie over de oorsprong en versies van ontologieën die in de annotatie worden gebruikt. Deze herkomstinformatie is belangrijk in het geval van toekomstige ontologiewijzigingen, die de reeds gekozen waarden kunnen afkeuren, of meer fijnmazige opties en prompte herannotatie kunnen toevoegen. RightField is bedoeld als hulpmiddel voor beheerders. Het is een aanvulling op spreadsheets die mogelijk al voldoen aan specifieke sjablonen om de terminologie verder te standaardiseren.