GATE

Omschrijving

GATE (Grid Analysis of Time-Series Expression) is een geïntegreerd computersoftwareplatform voor de analyse en visualisatie van hoogdimensionale biomoleculaire tijdreeksen. GATE gebruikt een op correlatie gebaseerd clusteralgoritme om moleculaire tijdreeksen te rangschikken op een tweedimensionale hexagonale reeks en kleurt individuele zeshoeken dynamisch in overeenstemming met het expressieniveau van de moleculaire component waaraan ze zijn toegewezen, om geanimeerde films te maken van moleculaire regelgevende dynamiek. Om potentiële regelgevende controlemechanismen af ​​te leiden uit correlatiepatronen, maakt GATE ook interactieve ondervraging van films mogelijk aan de hand van een breed scala aan voorkennisdatasets. GATE-films kunnen worden gepauzeerd en zijn interactief, waardoor gebruikers netwerken kunnen reconstrueren en functionele verrijkingsanalyses kunnen uitvoeren. Films die met GATE zijn gemaakt, kunnen in Flash-indeling worden opgeslagen en direct als interactieve figuren in PDF-manuscriptbestanden worden ingevoegd.