FlexS

Omschrijving

FlexS voorspelt de conformatie en oriëntatie van een van de liganden ten opzichte van de andere. In FlexS wordt aangenomen dat het referentie-ligand star is, dus moet het worden gegeven in een conformatie die vergelijkbaar is met de gebonden toestand. Het superpositie-algoritme in FlexS vereist slechts weinig handmatige tussenkomst. U kunt deze kennis integreren in de berekeningen met FlexS door enkele stappen handmatig uit te voeren. Zo is FlexS ontworpen voor interactief werk aan ligandparen en voor op liganden gebaseerde virtuele screening. De twee belangrijkste toepassingen van FlexS zijn superpositionering van liganden (bijv. voor CoMFA/QSAR) en virtuele screening. Als je een eiwit hebt en een klein molecuul eraan bindt (zogenaamde referentie-ligand) maar geen structuur van het eiwit, dan kun je de referentiestructuur nemen als een negatieve vingerafdruk van de actieve plaats. FlexS bepaalt de overeenkomst tussen de test en de referentiestructuur door ze op elkaar af te stemmen. Bij virtuele screening heb je een referentie-ligand en een set verbindingen en ben je geïnteresseerd in het prioriteren van de verbindingen voor experimenteel testen.