ImageSurfer

Omschrijving

ImageSurfer is een gratis 3D-beeldvormingsprogramma voor microcopie. Hiermee kunnen onderzoekers meerkanaals 3D- en 4D-volumes (time-lapse) visualiseren en analyseren. ImageSurfer biedt verschillende hulpmiddelen voor beeldherstel, waaronder deconvolutie-algoritmen (Wiener-filter, beperkte iteratieve en maximale waarschijnlijkheid) om door het beeldvormingssysteem geïntroduceerde wazigheid te verwijderen. Voor visualisatie biedt ImageSurfer verschillende technieken voor het renderen van volumes en oppervlakken. De software heeft ook een innovatieve gekleurde isosurface-modus die een kwalitatieve weergave biedt van de correspondentie tussen twee kanalen.

Een "plakextractor" stelt de gebruiker in staat om een ​​dwarsdoorsnede van het volume genomen in elke richting te onderzoeken. De vastgelegde plak kan worden gevisualiseerd als een traditionele 2D-afbeelding of als een 3D-reliëfweergave waarin de beeldintensiteit wordt gecodeerd als hoogte. Om de ruimtelijke overlap tussen structuren verder te onderzoeken, kan de onderzoeker gegevens van een ander kanaal gebruiken om de 3D-reliëfweergave te kleuren. Voor kwantificering kunnen signaalintensiteitswaarden vervolgens worden bemonsterd binnen vastgelegde plakjes langs een door de gebruiker gedefinieerde spline. Naast het maken van snapshots van 3D-weergaven en het genereren van films, kunnen 3D-modellen ook worden geëxporteerd als OBJ- of VRML-bestanden (virtual reality-modelleringstaal); VRML-bestanden kunnen in webbrowsers worden bekeken met behulp van een gratis plug-in. Beide bestandstypen kunnen worden geïmporteerd in populaire 3D-renderingprogramma's voor verdere verwerking, en in Acrobat 3D om documenten te produceren die interactief kunnen worden bekeken met Adobe Reader 8.